Na verdade o problema ocorre no STS, por não implementar as opções de menu no formato adotado pelo Unity.
Um workaround (gambiarra) para resolver o problema, é desabilitar o menu global no ubuntu. Isso pode ser feito através de um script shell com o seguinte conteúdo (arquivo STS_aux.sh):
#!/bin/bash export UBUNTU_MENUPROXY=0 /home/yaw/springsource/sts-2.9.1.RELEASE/STS
Importante: A terceira linha, executa o arquivo de inicializa do STS. Pronto, é só executar o arquivo STS_aux.sh que a aplicação será inicializada com todos os menus na barra superior do Unity/Ubuntu.
Enquanto o pessoal do SpringSource não ajusta o aplicativo, essa alternativa pode ser utilizada.
Curiosidade: O mesmo problema ocorre e pode ser resolvido no Aptana Studio 3, ambas as aplicações são variações do Eclipse IDE.
@edermag
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